만 15세부터 34세 이하 청년(군 복무 기간 최대 6년 추가 차감 인정으로 최고 만 40세)이 중소기업에 취업하면 취업일로부터 5년간 근로소득세의 90%를 연간 최대 200만 원 한도 내에서 감면받습니다. 매월 급여에서 원천징수되는 소득세의 90%가 즉시 줄어들거나 연말정산 시 1년 치 기납부 세액의 90%(지방소득세 10% 포함 시 연 최대 220만 원)를 현금으로 환급받는 구조입니다.
단, 국세청이 알아서 자동으로 세금을 감면해 주지 않으므로 근로자가 회사 경리·인사팀에 중소기업 취업자 소득세 감면신청서를 제출해야 회사가 관할 세무서에 감면대상명세서를 전산 등록합니다. 특히 5년 감면 기간 도중에 다른 중소기업으로 이직했을 때는 새 직장에 감면신청서를 반드시 다시 제출해야 남은 잔여 기간 동안 90% 감면 혜택이 끊기지 않고 이어집니다.
회사 경리팀 감면신청서 제출, 홈택스 조회 및 이직 시 5년 기산일 산정 원리
현재 재직 중인 근로자는 본인이 홈택스에서 세무서로 바로 감면 신청을 완료할 수 없으며, 반드시 원천징수의무자인 회사(경리팀·세무대리인)를 통해서만 감면대상명세서가 접수됩니다. 먼저 본인이 다니는 회사가 조세특례제한법상 감면 대상 중소기업(제조·도소매·IT·출판·물류·음식점업 등 해당, 병원·약국·법무법인·세무법인·금융업 제외)인지 확인하고, 국세청 서식인 중소기업 취업자 소득세 감면신청서(군 복무 기간 차감이 필요한 남성은 정부24 병적증명서 첨부)를 회사에 제출합니다. 제출 후 2~3주 뒤에 홈택스나 손택스 앱의 My홈택스 내 중소기업 취업자 소득세 감면명세서 조회 메뉴에서 본인의 감면 시작일과 종료일(5년)이 정상 등재되었는지 확인하면 됩니다.
5년 감면 기산일은 최초로 감면 신청을 한 회사의 취업일부터 시작되어 중간에 퇴사나 실업 공백기가 있어도 멈추지 않고 흘러갑니다. 따라서 첫 중소기업(2024년 3월 입사)에서 감면을 신청해 받다가 2026년 4월 다른 중소기업으로 이직해 재신청하면 최초 취업일로부터 5년이 되는 2029년 3월이 속한 달까지 90% 감면을 받습니다. 반면 연봉이 적거나 단기 근무한 첫 직장에서는 아예 신청하지 않고 퇴사한 뒤, 본격적으로 연봉이 오른 두 번째 중소기업에서 생애 최초로 감면신청서를 내면 두 번째 직장 입사일부터 향후 5년 전체 기간을 온전히 보장받을 수 있습니다. 연령 요건(만 15~34세, 병역 차감)은 근로계약 체결일 당시를 기준으로 딱 한 번만 판정하므로 만 34세에 입사해 요건을 충족했다면 만 39세가 될 때까지 5년 내내 감면이 유지되며, 입사 후 회사가 성장해 중견기업으로 전환되더라도 5년 감면 혜택은 취소되지 않습니다(단, 4대보험 상용 근로소득자만 해당하며 3.3% 프리랜서나 단순 일용근로자는 제외).
중소기업 취업청년 재직·이직·퇴사 유형별 소득세 90% 감면 적용 기준
조세특례제한법 제30조 및 국세청 연말정산 지침에 따른 중소기업 재직 청년의 상황별 소득세 감면 적용 방식은 다음과 같습니다.
| 재직 및 신청 유형 | 적용 감면율 및 연간 한도 | 감면 적용 기간 산정 방식 | 필수 신청 경로 |
|---|---|---|---|
| 현 직장 최초 신청자 | 근로소득세 산출세액의 90% 감면 (연간 최대 200만 원 한도) | 취업일로부터 5년이 되는 달이 속하는 과세연도 말일까지 | 회사 인사·경리팀에 신청서 제출 |
| 타 중소기업 이직 재신청자 | 동일하게 90% 감면 (연 200만 원 한도, 전·현 직장 합산) | 최초 감면 신청 취업일로부터 기산한 5년 중 남은 잔여 기간 | 이직한 새 회사에 감면신청서 재제출 |
| 미신청 퇴사자·제외 업종 | 재직 중 미신청 퇴사자는 과거 5년 치 세액 90% 일괄 환급 가능 | 병·의원, 법무·세무·회계, 금융·보험업, 공공기관은 감면 제외 | 퇴사자는 홈택스 경정청구 직접 접수 |
핵심 산출 기준 및 적용 예시중소기업 재직 청년의 연간 근로소득세 90% 감면액 및 지방소득세 절세 계산식
재직 중 신청하지 못하고 퇴사했을 때 경정청구로 과거 5년 치 세금 돌려받는 법
재직 당시 회사 경리팀에 서류를 내기 눈치가 보였거나 제도를 뒤늦게 알아 소득세 감면을 받지 못한 채 이미 퇴사했더라도 세금을 포기할 필요가 없습니다. 국세기본법상 법정신고기한으로부터 5년 이내라면 퇴사한 근로자 본인이 전 직장에 연락할 필요 없이 직접 국세청 홈택스에서 경정청구를 신청해 과거 5년 치 근로소득세의 90%를 본인 계좌로 일괄 환급받을 수 있습니다.
퇴사자는 정부24에서 고용보험 자격득실확인서(전 직장 근무기간 확인용)와 병적증명서를 발급받아 주소지 관할 세무서 민원봉사실에 직접 감면신청서를 내거나, 홈택스의 세금신고 > 종합소득세 > 근로소득자 경정청구 메뉴에서 비대면으로 접수하면 됩니다. 관할 세무서가 전 직장의 중소기업 해당 여부를 직권으로 확인한 뒤 약 2개월 이내에 그동안 더 냈던 국세(소득세 90%)와 지방소득세(10%)를 근로자 계좌로 입금해 주므로, 연봉 3,500만~4,500만 원대 청년이라면 3~5년 치 경정청구 한 번으로 200만 원에서 500만 원 이상의 환급금을 돌려받을 수 있습니다.
※ 본 원고는 조세특례제한법 제30조 및 국세청 홈택스 중소기업 취업자 소득세 감면 업무 안내서를 기준으로 작성되었습니다.